Por meio do Programa de Desenvolvimento Institucional, criado em 2002, o Pacs vem aprimorando a sua intervenção social e política, bem como o desenvolvimento de sua organização interna. A estrutura de gestão é descentralizada, participativa e transparente, procurando desenvolver um sistema não hierárquico de atribuição de responsabilidades e partilha do trabalho.
Para fortalecer a participação de seus componentes, o Pacs procura criar espaços de discussão e decisão, o que favorecem a autogestão e contribuem para uma maior convergência e sinergia entre os programas, a administração e a equipe de projetos.
Além da Assembléia de Sócios, da Diretoria Executiva e do Conselho Fiscal, o Pacs também tem espaços de caráter executivo e técnico, como o Coletivo de Gestão e a gestão descentralizada das finanças dos projetos.
O Pacs tem elaborado o Plano Trienal, além do Manual de Procedimentos Administrativos. Anualmente também são produzidos Relatórios de Atividades Institucionais e Relatório de Auditoria Externa. O aperfeiçoamento do sistema de Planejamento, Monitoramento e Avaliação Institucional e dos programas/projetos é prioridade de toda a equipe.
Já a sustentabilidade financeira do PACS se dá a partir da aprovação de Planos de Trabalho (trienais e anuais), projetos apresentados para agências financiadoras nacionais e internacionais, e ainda doações de pessoas e entidades parceiras do PACS. A fidelização de doadores demonstra a credibilidade e o comprometimento que a instituição conquistou ao longo destes 29 anos de existência.